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依据生物安全防护水平的差异，生物安全柜可分为一级、二级和三级三种类型。一级生物安全柜可维护作业人员和环境而不维护样品。其气流原理和试验室通风橱根本相同，不同之处在于排气口设备有HEPA 过滤器，将外排气流过滤从而避免微生物气溶胶分散形成污染。一级生物安全柜自身无风机，依靠外接通风管中的风机带动气流。
二级生物安全柜是现在应用为广泛的柜型。按照《中华人民共和国医药行业标准YY0569-2011生物安全柜》中的规则，二级生物安全柜按照进口气流风速、排气方法和循环方法可分为4 个等级：A1 型，A2型，B1 型和B2 型。一切的二级生物安全柜都可供给作业人员、环境和产品的维护。
A1型安全柜前窗气流速度小量或丈量平均值应至少为0.38m/s。70%气体经过HEPA 过滤器再循环至作业区，30%的气体经过排气口过滤排出。
A2型安全柜前窗气流速度小量或丈量平均值应至少为0.5m/s。70%气体经过HEPA 过滤器再循环至作业区，30%的气体经过排气口过滤排出。
二级B型生物安全柜均为衔接排气体系的安全柜。衔接安全柜排气导管的风机衔接紧迫供给电源，意图在断电下仍可坚持安全柜负压，避免风险气体泄漏出试验室。其前窗气流速度小量或丈量平均值应至少为0.5m/s(100fpm)。
B1型70%气体经过排气口HEPA 过滤器扫除，30%的气体经过供气口HEPA 过滤器再循环至作业区。
B2型为全排型安全柜，无内部循环气流，可一起供给生物性和化学性的安全操控，能够操作挥发性化学品和挥发性核放射物作为添加剂的微生物试验。
三级生物安全柜是为生物安全防护等级为4级试验室而规划的，柜体彻底气密，作业人员经过衔接在柜体的手套做相关操作，俗称手套箱(Golve box)，试验品经过双门的传递箱进出安全柜以保证不受污染，适用于高风险的生物试验，如进行SARS、埃博拉病毒相关试验等。
过滤器是生物安全柜、超净作业台、通风柜等洁净设备通风设备的重要组成部分。ULPA超高效过滤器和HEPA高效过滤器这两种空气过滤器是专为去除气流中绝大多数的极端小的颗粒污染物而规划的。这两种过滤器可能在功能上是类似的，但二者的功能却有着非常大差异
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